18SrDNA 是相对于基因组而言, 18SrDNA 转录后即为 18SrRNA。18SrDNA 在生物中是最为
保守的基因之一,所以也常用来进行生物分类的依据。由于 18SrRNA 在生物中的表达比较
保守,所以目前也用来作为内参。
二、18srRNA内参问题
1 用 18s RNA作为 RT-PCR的内参, 应该和 β-actin 是一个道理, 半定量的目的是要看总 RNA
中的目的基因 mRNA 的表达量,内参的目的是去除一些系统误差。
2 有文献做过比较,之所以 18s RNA 比β-actin 好是因为它含量丰富,且任何情况下稳定存
在,所以受外界影响小,半定量时背景更加稳定
3 但是不同的是 18s 是 rRNA,没有 A 尾巴,所以选它作内参时, l 理论上总 RNA 转录时不
能用 OligodT 作反转录引物, 用随机引物或 6 聚体引物 ,OligodT 转录出来的可都是 mRNA啊!
如果选 β-actin 就不存在这个问题,因为它 mRNA,有 A 尾巴。
4 实际上 ,用 18S rRNA做内参,反转录 RNA用 OligodT,能够扩增出来时 ,对结果也不要表示怀
疑.因为普通条件下的反转不会很纯粹, mRNA 的含量在总 RNA中只占 5%,反转时不是仅有
它被反转录,即使是 rRNA 也是可以部分反转成 CDNA 的,要不分离纯 mRNA 怎么要用试剂
盒进行进行磁珠吸附呢。另外,没有反转的 rRNA 和 tRNA 如果没用 RNA 酶处理也是可以存
在很长时间才会完全降解的。这样的 18S rRNA 做内参是不合适的,它的表达会隋时间推移
降低的。
你既然用 18S rRNA 做内参,就必须让其稳定表达。这样在反转录 RNA 时除用 OligodT 外,
还要用 18S反向引物,反转录后的 CDNA最好还用 RNA酶处理一下,再高温灭活。