违章超速百分之五十扣十二分的处理如下：
1、在被扣12分以后，根据相关的规定，违法人要在接受处罚的15日内到当地机关交通管理部门或者驾驶证的核发地区，参加为期一星期的学习，学习的内容主要是科目一的考试项目，包括道路交通安全法律法规以及相关的知识。在学习完成以后，再根据有关部门的安排进行科目一的考试，在合格以后记分就可以清除，可以重新拿到自己的驾驶证，但如果在考试时有不合格的问题就需要继续学习和考试。如果拒不参加学习和考试的，驾驶证就会被当地有关部门宣布停止使用；
2、除了在一个记分周期内记满12分的情况以外，如果有两次以上都达到了12分，或者在一个周期内累计的记分已经超过24分，这时候除了要在学习以后参加科目一的考试，考试合格以后的十天内还需要重新考科目三；
3、除了要注意在规定期限内，参加学习和考试以外，也要注意在被扣驾驶证期间不可以驾驶机动车。
法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》第九十九条
有下列行为之一的，由机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款：
（一）未取得机动车驾驶证、机动车驾驶证被吊销或者机动车驾驶证被暂扣期间驾驶机动车的；
（二）将机动车交由未取得机动车驾驶证或者机动车驾驶证被吊销、暂扣的人驾驶的；
（三）造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的；
（四）机动车行驶超过规定时速百分之五十的；
（五）强迫机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规和机动车安全驾驶要求驾驶机动车，造成交通事故，尚不构成犯罪的；
（六）违反交通管制的规定强行通行，不听劝阻的；
（七）故意损毁、移动、涂改交通设施，造成危害后果，尚不构成犯罪的；
（八）非法拦截、扣留机动车辆，不听劝阻，造成交通严重阻塞或者较大财产损失的。
行为人有前款第二项、第四项情形之一的，可以并处吊销机动车驾驶证；有第一项、第三项、第五项至第情形之一的，可以并处十五日以下拘留。
