交警有正当理由扣电动车是合法的。对于电动车发生了交通事故，为了调查收集证据可以扣留电动车；电动车违反了道路通行规定，交警对其处以罚款时驾驶人拒绝接受罚款处罚的，也可以扣留电动车。
电动车上牌的流程是什么
1、准备材料，、电动车合格证、身份证原件及复印件，如果非本市户籍还需提供居住证；
2、参加培训，到电动车指定的学习点参加学习，学习阶段结束后予以考试；
3、验车，参加完学习后领取学习证明就可以去上牌点验车；
4、提交办理材料，办理的材料除了之前提到的材料，还有填写一张验完车后发的电动车业务申请表；
5、电动车拍照，领取电动车牌后到拍照点拍照，拍照完毕才可以上路骑行。
法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》第七十二条
机关交通管理部门接到交通事故报警后，应当立即派交通赶赴现场，先组织抢救受伤人员，并采取措施，尽快恢复交通。
交通应当对交通事故现场进行勘验、检查，收集证据；因收集证据的需要，可以扣留事故车辆，但是应当妥善保管，以备核查。
对当事人的生理、精神状况等专业性较强的检验，机关交通管理部门应当委托专门机构进行鉴定。鉴定结论应当由鉴定人签名。
