包工头恶意克扣工资的，农民工可以到劳动行政部门举报 （通常是劳动管理监察大队），也可以直接申请仲裁，如果对仲裁结果不满意，可以向提起起诉。
投诉包工头的投诉方式有哪些？
1、和用人单位协商；
2、向劳动行政部门投诉；
3、向企业劳动争议调解委员会、依法设立的基层人民调解组织和在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织申请调解；
4、向人民请求支付令等。
遇到拖欠工资的情形的处理方式如下：
1、要冷静理智
劳动者享有取得劳动报酬的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。民工的工钱被拖欠问题，已引起全社会的关注，受到的高度重视，国家有关部门正在采取相关解决措施，因此要保持冷静的心态，理智处事；
2、要学会用法律维权
如果工资被拖欠了，可以向各地劳动执法部门举报，劳动部门的执法监察人员会帮助协调解决；也可以到各地的劳动争议仲裁机构去申请仲裁，如果对仲裁不服，也可以到人民起诉、强制执行；如果掏不起打官司的钱，也可以申请减免诉讼费。总之要借助、法律的帮助，获得应得的报酬；
3、劳动和社会保障部门已要求各地，重视对民工合法权益的保护
把企业恶意拖欠、克扣民工工钱，作为劳动保障监察执法的重点，依法严厉查处克扣民工工资的违法行为，责令用人单位补清所拖欠的工资，保障民工合法权益。
综上所述，发现包工头恶意克扣工资的处理方式包括向劳动行政部门投诉、或者是直接提出劳动仲裁申请等。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民申请支付令，人民应当依法发出支付令。
