法律主观：
在实践中，公司或者一些用人单位，开具出来的一般一方面用来作为纳税凭证，另一方面是用来证明是否发生了该项实质业务，而专用除了具备上述功能外，还要用来抵扣进项税。
专用抵扣联丢失处理：
1、扣税凭证丢失时由直接保管人承担相应责任。
2、丢失已开具专用的联和抵扣联，且丢失前已认证相符的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，
取得相应专用记账联复印件(加盖专用章)及销售方主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》或《丢失货物运输业专用已报税证明单》(以下统称《证明单》)，并及时传递给管理人员，作为进项税额的抵扣凭证。专用记账联复印件和《证明单》留存备查，按照扣税凭证归档要求进行管理。
丢失已开具专用的联和抵扣联，如果丢失前未认证的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，取得相应专用记账联复印件(加盖专用章)及销售方所在地主管税务机关出具的《证明单》，并及时传递给管理人员，管理人员凭销售方提供的相应专用记账联复印件进行认证，认证相符的，可凭专用记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为进项税额的抵扣凭证。
3、公司丢失已开具专用的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用的联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用的联认证，专用的联复印件留存备查。
4、公司丢失已开具专用的联，可将专用抵扣联作为记账凭证，专用抵扣联复印件留存备查。
综合上述，我们了解到专用在丢失抵扣联或联其中一联的，处理起来就比较简单，但如果抵扣联和联同时丢失的，处理起来相对就复杂很多。
法律客观：
《中华人民共和国暂行条例》第 纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的额，为进项税额。 下列进项税额准予从销项税额中抵扣： （一）从销售方取得的专用上注明的额。 （二）从海关取得的海关进口专用缴款书上注明的额。 （三）购进农产品，除取得专用或者海关进口专用缴款书外，按照农产品收购或者销售上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，另有规定的除外。进项税额计算公式： 进项税额=买价×扣除率 （四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的额。
