饿了么商家取消订单没有惩罚。饿了么商家取消订单是属于商家自己在饿了么平台的权利，其受主要因素影响无法完成其用户订单，向用户拨打电话说明情况并取得谅解后即可，饿了么平台并没有针对这种行为的惩罚方式。
饿了么取消订单的情况：
1商家可以在系统里订单处点击取消订单，平台会自动退款给用户。在取消订单时，可选择取消的理由，如果是平台责任，之后通过定责规则赔付给商家，商家主动跟客服联系并提供证据会提高赔付概率。
2、用户主动取消订单。一分钟内取消订单：系统自动通过，无需商家操作，不会影响店铺质量。下单超过一分钟目
骑手末取餐。如果用户取消订单时，商家未出餐，可以同意退款。如果商家已经出餐可以拒绝请求。
3、骑手已经取各，在配送途中，用户取消订单。在配送超时（配送时间55分钟以上）、无人接单(30分钟无人接单）等情况造成的用广取消订单时，建议商家先跟用户沟通好：取消时一定要备注是配送原因。商家在后台看到取消订单的原因都无错后，可以先同意退款，随后在后台申请餐损，平台会自动根据系统的记录判责对商家进行赔付。
法律依据：
《中华人民共和国消费者权益保》
第三十九条 消费者和经营者发生消费者权益争议的，可以通过下列途径解决：
（一）与经营者协商和解；
（二）请求消费者协会或者依法成立的其他调解组织调解；
（三）向有关行政部门投诉；
（四）根据与经营者达成的仲裁协议提请仲裁机构仲裁；
（五）向人民提起诉讼。
