农村土地承包经营权不同方式确权登记操作流程如下：
（一）家庭承包方式登记；
1.准备前期资料；
2.入户权属调查；
3.测量地块成图；
4.公示审核；
5.建立登记簿；
6.完善承包经营权证书；
7.建立农村土地承包管理信息系统；
8.资料归档。
（二）其他承包方式登记
采取招标、拍卖、公开协商等方式登记，当事人申请土地承包经营权登记，按照《农村土地承包经营权证管理办法》有关规定办理登记。对境外企业、组织和个人租赁农村集体土地，暂不予登记。参照家庭承包方式登记的相关程序。
（三）存在争议的确权登记
先由国土部门明确土地所有权，再按照相关程序对所涉及土地的承包经营权进行登记，土地所有权一时难以明确的暂缓登记。
一、土地流转费与土地承包费的区别
农村土地承包是指采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒淮等农村土地，可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包。土地流转是指土地使用权流转，土地使用权流转是指拥有土地承包经营权的农户将土地经营权（使用权）转让给其他农户或经济组织，即保留承包权，转让使用权。农村土地承包后土地的所有权性质不变，承包地不得买卖。
1、除非荒地等是要缴费承包，否则是不要土地承包费的。
2、土地流转费：个人、企业、合作社等想要大规模的从事种植，需要大块的土地，这就需要缴纳土地流转金从农民手机流转出土地，从而获取土地的使用权，而土地承包权依然不变。
二、非法开荒土地怎么处理
对未经依法批准和村集体经济组织同意，农户私自开垦的荒地，应报请国土资源部门依法处置。对报请国土资源部门批准，确认为村集体经济组织所有，且签订了家庭土地承包合同的农户新开垦土地，应按原土地承包关系进行确权登记颁证;对未经村集体经济组织同意，未签订家庭土地承包合同的农户新开垦土地，可采取村民议决方式，决定是否纳入农户家庭承包经营土地确权登记颁证;对村民议决不同意的，应在承包经营权登记簿中对新开垦土地进行备注登记，但不颁发承包经营权证书，待有关规定明确后再处置。
【本文关联的相关法律依据】
《农村土地承包法》第九条，承包方承包土地后，享有土地承包经营权，可以自己经营，也可以保留土地承包权，流转其承包地的土地经营权，由他人经营。
《民法典》第三百三十九条，土地承包经营权人可以自主决定依法采取出租、入股或者其他方式向他人流转土地经营权。
