法律分析：注册资金50万和100万的区别在于: 注册资金越高,证明公司的实力越强,所承担的经济责任越大。公司可以开展的业务越多。注册资本越大,在企业前期业务开展宣传方面能显示出企业的资本实力,容易增加可信度和业务成交率。 注册时,注册资金的印花税是按照注册资金万分之五缴纳(50万交250元,100万交500元)只需要缴纳一次。公司注册成功以后,一般是查账征收,和注册资金没有关系。法律依据：《中华人民共和国公司法》 第二十六条 注册资本 有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。法律、行规以及决定对有限责任公司注册资本实缴、注册资本最低限额另有规定的，从其规定。《公司注册资本登记管理规定》 第二条 有限责任公司的注册资本为在公司登记机关依法登记的全体股东认缴的出资额。
