公司代持个人股份是合法的。公司可以代持个人股份。股权代持协议只要不违反法律的强制性规定，都是有效的。
股权代持又称委托持股、隐名投资或假名出资，是指实际出资人与他人约定，以该他人名义代实际出资人履行股东权利义务的一种股权或股份处置方式。
一、公司隐名股东与显名股东之间是否为代理关系
隐名股东，是指实际认缴有限责任公司出资或者认购股份有限公司股份，实际享有出资权益，但公司章程、股东名册、出资证明书、公司工商登记档案均未记载其为公司股东，或者记载的持股数额少于其实际持股数额的投资者。
显名股东，是指未实际认缴有限责任公司出资或者认购股份有限公司股份，不实际享有出资权益，但公司章程、股东名册、出资证明书、公司工商档案记载其为股东，或者记载的持股数额多于其实际持股数额的投资者。
股权代持，是指显名股东按照约定持有隐名股东投资形成的股权或者股份。
二、隐名股东权益如何维护
第一，采用书面协议明确显明股东和隐名投资者之间的权利义务关系。
第二，争取与其他股东以及公司签订书面协议，明确各方对股权代持的知悉和同意。
第三，积极参与公司管理，充分行使股东权利。
第四，关注显名股东持股情况，及时办理股权变更登记。
三、怎么规避隐名股东的法律风险
规避方式如下：
1.应与显名股东签署规范的《股权代持协议》；
2.隐名股东对公司的实际出资应清晰地流向公司账户，并保留完整的财务流转凭据，以表明其已对公司进行实际出资；
3.适度参与公司经营，建议尽可能在公司内部使身份显名化，并达到公司股份转让的其他股东过半数同意的要求。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第二十四条，有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益；
以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无法律规定的无效情形，人民应当认定该合同有效。
