二者的区别主要包括：
1、抵扣不同：专用可以抵扣进项税，普通不可以抵扣进项税。这是他们最主要的区别，后面联次、内容的区别都是基于此产生的；
2、联次不同。专用有四联，包括开票方用于留存备查的存根联、用于购买方记账的联，用于购买方扣税凭证的抵扣联，用于销售方记账的记账联。普通不能抵扣，所以没有抵扣联，只有其他的三联；
3、使用主体不同。专用一般使用主体为一般纳税人，一般情况下，不包括小规模纳税人，小规模纳税人只能经税务机关批准后由当地税务机关代开；普通是未办理税务登记的纳税人也可直接向税务机关申请领购使用；
4、的内容不同。专用除了包括普通所具备的内容外，还包括方面的内容。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国管理办法》 第七条 专用由税务主管部门确定的企业印制；其他，按照税务主管部门的规定，由省、自治区、直辖市税务机关确定的企业印制。禁止私自印制、伪造、变造。
