发酵工程是一门涵盖多个学科交叉的综合学科，其应用领域广泛，主要包括：
1. 食品工业：利用发酵技术生产酸奶、酱油、味精、醋、面包、啤酒等食品，提高产品品质和增加营养价值。
2. 医药工业：利用微生物发酵生产抗生素、维生素、酶、生长因子、免疫调节剂等药品，在医疗保健领域起到重要作用。
3. 农业工业：通过微生物发酵生产有机肥料、生物农药、饲料添加剂等，促进农业可持续发展。
4. 生物工程：利用发酵过程生产生物燃料、生物塑料、生物润滑剂等，实现资源的替代和环保。
5. 环保工业：利用微生物发酵降解污染物、处理废水、废气等，达到环境净化和治理的目的。
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