1、地位不同，下属组成部门和直属单位，直属单位的地位略低于组成部门。2、人事任命方式不同，直属机构指的是各总局、总署，有权根据需要自行决定这些部门的设立及其首长人事任免事务等事项，而无需经过及其常委会。3、管理方式不同，部门管理机构，即部委管理的国家局，是由于有些事务需以国家名义行使，但有无必要设立直属机构。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国组织法》第十一条可以根据工作需要和精简的原则，设立若干直属机构主管各项专门业务，设立若干办事机构协助总理办理专门事项。每个机构设负责人二至五人。
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