员工迟到是否会被辞退应根据具体情况判断：
1、对于一次、二次的迟到，不应属于严重违反用人单位规章制度；
2、但如果是数次迟到，拒不改正的，用人单位可以依法予以辞退。
员工上班迟到被扣工资不合法，但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。在员工无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，用人单位就可以对员工的工资进行惩罚性的扣除，除此之外，劳动者还应当赔偿损失，用人单位也可以与劳动者解除劳动合同。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条
劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
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